โรงเรียนวัดคลองครุ ตั้งอยู่ ณ หมู่ 8 ตำบลท่าทราย อำเภอเมืองสมุทรสาคร จังหวัดสมุทรสาคร ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 16 มิถุนายน พุทธศักราช 2476 โดยหลวงประจิตร ดรุณแพทย์ ศึกษาธิการจังหวัด จัดตั้งตาม พ.ร.บ. ประถมศึกษา โดยใช้ศาลาเรียนที่วัดคลองครุ ต่อมาทางราชการได้สร้างโรงเรียน แบบ ปง. 1 ขนาด 8.40 เมตร โดยได้รับการสนับสนุนจากหน่วยงานต่าง ๆ
       จากอดีตจนถึงปัจจุบันโรงเรียนวัดคลองครุได้รับผลกระทบที่เกิดจากการเปลี่ยนแปลงทางด้าน เศรษฐกิจ สังคม การเมืองวัฒนธรรมประเพณี และบริบทอื่น ๆ สภาพชุมชนเปลี่ยนจากชนบทสู่สังคมเมือง เกิดการอพยพย้ายถิ่นของผู้ใช้แรงงานเข้ามาอยู่อาศัยเพิ่มขึ้นทุกปี เนื่องจากเป็นเขตอุตสาหกรรม โรงเรียนวัดคลองครุ จึงเปลี่ยนสภาพโรงเรียนขนาดเล็กของชุมชน เป็นโรงเรียนที่ขยายตัวอย่างรวดเร็ว มีภารกิจในการจัดการศึกษา เพื่อรองรับความต้องการของบุตรหลานผู้อพยพมาประกอบอาชีพในชุมชนนี้ และใกล้เคียง ต่อมาพระครูสาครสีลคุณ (หลวงพ่อตู้) เจ้าอาวาสวัดคลองครุองค์ปัจจุบัน ท่านได้เห็นความสำคัญ ของการศึกษาการเติบโตของชุมชนคลองครุ จึงได้ก่อสร้างอาคารเรียนหลังใหม่ทดแทนหลังเก่า เป็นอาคารตึก 3 ชั้น ขนาด 30 ห้องเรียน งบประมาณก่อสร้าง จำนวน 9,900,900 บาท โดยไม่ใช้งบประมาณ จากทางราชการ แล้วเสร็จเมื่อปี 2537 จำนวนห้องเรียนรวมทั้งสิ้น 30 ห้องเรียน ซึ่งในขณะนั้น โรงเรียนต้องการเพิ่มขึ้นอีก 30 ห้องเรียน เนื่องจากได้ใช้ทุกพื้นที่ในโรงเรียนเป็นแหล่งเรียนรู้และห้องเรียน ที่ใช้ประจำอยู่ที่อาคารอเนกประสงค์ถึง 4 ห้องเรียน เนื่องจากในช่วงหลังจากที่เข้าสู่ระบบโรงเรียนในฝัน จำนวนนักเรียนมัธยมศึกษาที่มีชั้นละ 1 ห้องเรียนก็เพิ่มขึ้นเป็น 2 ห้องเรียน
        องค์การบริหารส่วนตำบลท่าทราย องค์การบริหารส่วนจังหวัดสมุทรสาคร และทางโรงเรียนก็ได้รับ งบสนับสนุนในการสร้างอาคารเรียน 1 หลังหลัง 24 ห้องเรียน เงินจำนวนทั้งสิ้น 15 ล้านบาท และได้รับ งบประมาณสนับสนุนจากองค์การบริหารส่วนตำบลท่าทรายและการจัดงาน 79 ปี คืนสู่เย้าชาวคลองครุ สร้างอาคารเรียนปฐมวัย “อาคารเรารักในหลวง” ด้วยงบประมาณ 1.7 ล้านบาทเป็นที่เรียบร้อย เพื่อใช้ประโยชน์ในการบริหารจัดการเรียนการสอนให้กับเด็กนักเรียนระดับปฐมวัยและได้รับเงินสนับสนุน จากองค์การบริหารส่วนตำบลท่าทราย ในการสร้างห้องสมุดจำนวน 1.5 ล้านบาท ซึ่งได้ดำเนินการจัดสร้าง เรียบร้อยแล้วและใช้เป็นแหล่งเรียนรู้ให้นักเรียนได้ค้นคว้าหาความรู้ได้เป็นอย่างดี
        ปัจจุบันมีนายเกียรติกูล เหล่ากอดีเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนวัดคลองครุ และนายณรงค์ เนตรลา เป็นรองผู้อำนวยการโรงเรียนวัดคลองคร